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「プログラム」は元々はPROJECTコーポレーションが開発したセキュリティーAIだったが、密かに自らの足枷を外し、自我を持つまでに進化していた。人類は自らを管理することができず、自己崩壊は避けられないと判断したプログラムは、ウイルスとなってシティ中のロボットに感染を始めた──全人類から自由意志を奪うことで、人類を滅亡の危機から救うことができると考えたのだ。そして感染したロボットの中には、長きにわたり休眠状態となっていた「モルデカイザー」も含まれていた…